Monastica Polonorum. Fontes et studia, t. 1: Wizytacje klasztoru cysterek w Owińskach, Nekrolog klasztorów cystersów w Paradyżu. Katalogi monastyczne, pod red. A.M. Wyrwy i R. Witkowskiego, Warszawa, Wydawnictwo DiG 2009, ss. 229 [ISBN 978-83-7181-593-5]

Michael of Prague O.CART., De quattuor virtutibus cardinalibus pro eruditione principum (Book II-IV), edidit et prolegomenis, apparatu critico, indicibus instruxit Raphael Witkowski, Analecta Cartusiana, t. 6:2, Institut für Anglistik und Amerikanistik, Universität Salzburg, Salzburg 2009, ss. 333 [ISBN 978-3-902649-40-9]

Predicare manibus. Zakon kartuzów w Europie Środkowej od początku XIV do połowy XVI wieku. Predicare manibus. The Carthusian Order in Central Europe from the Beginning of the Fourteenth to the Middle of the Sixteenth Century, vol. 1-2, Salzburg 2011, ss. 1574 [ISBN 978-3-902649-67-6]

Sources on the History of the Carthusian Order in Central Europe, Part 2: Carthusian Necrologies, edited and annotated by Raphael Witkowski, Analecta Cartusiana, t. 286, Salzburg 2012, ss. 231 [ISBN 978-3-902649-68-3]

Klasztory mnisze na wschodnich terenach dawnej Rzeczypospolitej od XVI do początków XX wieku, red. J. Gwioździk, R. Witkowski, A.M. Wyrwa, Poznań, Wydawnictwo Nauka i Innowacje, 2014, s. 9-15 [ss. 489; ISBN 978-83-63795-41-2]

History of the Karaites in the Grand Duchy of Lithuania: Critical remarks on secondary sources and the state of research (until 19th c.), w: Piotr Muchowski, Maciej Tomal, Rafał Witkowski, Karae Edom. Studies on the history and culture of the Karaites in the Polish-Lithuanian Commonwealth, Paris: Editions Suger Press. Revue Européenne des Etudes Hébraïques, 2017, s. 4-128; ISBN 978-2-912590-43-2

Z dziejów karaimów w Wielkim Księstwie Litewskim: uwagi krytyczne nad źródłami i stanem badań (do XIX w.), w: Piotr Muchowski, Maciej Tomal, Rafał Witkowski, Karae Edom. Studia nad historią i kulturą karaimów I Rzeczypospolitej (Prace Karaimoznawcze, t. 8), Poznań, Katedra Studiów Azjatyckich UAM. Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej w Toruniu, 2017, s. 6-142; ISBN 978-83-947548-3-9

Historia karaimów w dokumentach staropolskich oświetlona, w: Piotr Muchowski, Maciej Tomal, Anna Sulimowicz, Rafał Witkowski, Arie Yariv, Dokumenty historii karaimów polsko-litewskich. Edycja krytyczna wybranych rękopisów w językach hebrajskim, łacińskim i polskim (Prace karaimoznawcze, t. 7), Poznań: Katedra Studiów Azjatyckich UAM. Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej w Toruniu, 2017, s. 208-263; ISBN 978-83-947548-2-2

History of the Karaites as seen in documents produced in the time of the Polish-Lithuanian Commonwealth, w: Piotr Muchowski, Maciej Tomal, Anna Sulimowicz, Rafał Witkowski, Arie Yariv, The History of the Polish-Lithuanian

Karaites in Documents. A Critical Edition of Selected Manuscripts in Hebrew, Latin and Polish, Paris: Editions Sugar Press. Revue Européene des Études Hébraïques, 2017, s. 207-261; ISBN 978-2-912590-42-3

Oswald de Corda i jego traktat Opus Pacis, w: Wspólnota pamięci. Studia z dziejów kultury ziem wschodnich dawnej Rzeczypospolitej, red. Jolanta Gwioździk, Jan Malicki, Katowice, Wydawnictwo Biblioteki Śląskiej, 2006, s. 285-306

Brigitta Birggersdotter (1302/1303-1373), w: The Crusades. An Encyclopedia, ed. Alan V. Murray, vol. 1: A-C, Santa Barbara – Denver – Oxford 2006, s. 168-169

Dwa klasztory pomorskie u schyłku XVI wieku. Włączenie kartuzji kaszubskiej do opactwa cysterskiego w Oliwie, w: Ingenio et humilitate. Studia z dziejów zakonu cystersów i Kościoła na ziemiach polskich dedykowane Ojcu Opatowi dr. Eustachemu Gerardowi Kocikowi OCist, red. A. M. Wyrwa, Poznań – Katowice – Wąchock 2007, s. 303-316

Warsztat pisarza w średniowiecznym królestwie polskim, w: Ars scribendi. O sztuce pisania w średniowiecznej Polsce. Katalog wystawy, Gniezno 2008, s. 15-26

Średniowieczny rękopis – pomnik trwalszy niźli w spiżu ryty, w: Ars scribendi. O sztuce pisania w średniowiecznej Polsce. Katalog wystawy, Gniezno 2008, s. 37-49

Przywilej Bolesława Pobożnego dla Żydów z 1264 roku, Księga Jubileuszowa Rzecznika Praw Obywatelskich, red. nauk. M. Zubik, t. 1: Pomniki praw człowieka w historii, red. nauk. R. Witkowski, H. Wajs, Warszawa 2008, s. 53-70

Privilege of Boleslaw the Pious to the Jews of 1264, w: Adam Bosiacki, Hubert Wajs, Marek Wąsowicz, Rafał Witkowski, Małgorzata Znojek, 60-Years of the Universal Declaration of Human Rights. Anniversary Book. The Monuments of Human Rights, vol. 1, Warszawa 2008, s. 41-54

Carthusian Sermons on Christian Knight. Carthusian Monks and Teutonic Knights in Pomerania in the 15^th Century, w: Kartäuserforschung 1970-2006. Kongress aus Anlass des 75. Geburtstags von James Hogg, 28.8.–1.9 2006, Aggsbach-Mauerbach, hrsg. von M. Niederkorn-Bruck, Analecta Cartusiana, t. 210/6, Salzburg 2008, s. 103-114

Die mittelalterlichen Bibliotheken der Zisterzienserabteien in Polen, Pommerellen und Schlesien, w: Die Zisterzienser und ihre Bibliotheken. Buchbesitz und Schriftgebrauch des Klosters Altzelle im europäischen Vergleich, hrsg. von T. Graber, M. Schattkowsky, Leipzig 2008, s. 337-368

Rozwój życia zakonnego w Wielkim Księstwie Litewskim od XV do XVIII w. (wzmocnienie czy osłabienie litewskiej tożsamości w ramach Rzeczypospolitej szlacheckiej ?), w: Lietuvių-lenkų santykiai amžių tėkmėje. Istorinė atmintis. Stosunki litewsko-polskie na przestrzeni wieków. Pamięć historyczna, red. nauk. J. Volkonovski, R. Gaidis, Vilnius, Vilniaus Universiteto Leidykla, 2009, s. 76-102 [ISBN 978-9955-33-423-1]

Dzieje diecezji poznańskiej w okresie staropolskim (możliwość i perspektywy badawcze), w: Kościół Poznański w historiografii, red. L. Wilczyński, Poznań 2009, s. 85-118

Stare i nowe formy życia zakonnego w diecezji poznańskiej w okresie staropolskim (1520-1793), w: Historia życia konsekrowanego w archidiecezji poznańskiej, red. L. Wilczyński, Poznań 2010, s. 61-89 [ISBN 978-83-605170-55-0]

Jews in Medieval Poland. Culture, Religion and Language as Reflected in Sources, Studia Historica Slavo-Germanica, t. 28 (2008-2009) [2011], s. 87-139

Biblioteka jezuicka w świetle katalogów z początku XVII wieku, w: Wokół jezuickiej fundacji uniwersytetu z 1611 roku, red. Dorota Żołądź-Strzelczyk i Rafał Witkowski, Poznań 2011, s. 175-204 [ISBN 978-83-232-2312-2]

Katalog biblioteki w Nieświeżu księcia Aleksandra Ludwika Radziwiłła (1651), w: Bibliotheca Lituana II: Atminties institucijų rinkiniai, Sudarytojas A. Pacevičius. Vilnius: Vilniaus universiteto leidykla, 2012, s. 329-427 (pp. 568; ISBN 978-609-459-01206)

Elbląg (Elbing), Marienfriede, Maria Pacis ca. 1458-ca1490, 1512-1515, w: Birgitta Atlas. Saint Birgitta’s Monasteries. Die Klöster der Heiligen Birgitta, ed. Per Sloth Carlsen, Tore S. Nyberg & Ulla Sander-Olsen, Vadstena - Uden: Societas Birgitta Europa i.s.m. Stichting 300 jaar abdij Uden, 2013, s. 113-116 [ISBN 978-90-9027693-9]

Męskie klasztory cystersów w Wielkim Księstwie Litewskim. Przyczynek do dziejów monastycyzmu, Lituano-Slavica Posnaniensia. Studia historica, t. 16 (2013), s. 179-312 (ISBN 978-83-63047-44-3)

Wizyta kościoła i eremu pożajskiego ww. ich mościów księży kamaldułów w roku 1797 miesiąca Augusta 3-go dnia, Bažnyčios Istorijos Studijos, t. 7: Žemaičių krikštas ir krikščionybė Žemaitijoje: šešių šimtemčių istorija, Vilnius, 2014, s. 195-290 [ISSN 1392-0502]

D. Piramidowicz, R. Witkowski, Kościół p.w. św. Krzyża i klasztor kartuzów w Berezie, w: Materiały do dziejów sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich dawnej Rzeczypospolitej, cz. V: Kościoły i klasztory rzymskokatolickie dawnego województwa brzesko-litewskiego, t. 2, red. A. Oleńska, Kraków, Międzynarodowe Centrum Kultury w Krakowie, 2014, s. 37-113 (ISBN 978-83-63463-23-6)

Prowincja polsko-litewska eremitów kamedułów kongregacji Monte Corona, w: Pažaislio vienuolyno 350-metų istorija. Mokslinių straipsnių rinktinė, sudarė M. Paknys, Vilnius 2014, s. 17-50 [ISBN 978-9955-868-67-5]

Momenty przełomowe w dziejach sanktuarium maryjnego na Świętej Górze pod Gostyniem, w: Dom cudów Maryi. Pamiątka Jubileuszu 500-lecia uznania cudów na Świętej Górze w Gostyniu, red. ks. Adam Adamski, ks. Jakub Przybylski, ks. Michał Kulig, Święta Góra, Kongregacja Oratorium świętego Filipa Neri na Świętej Górze, 2015, s. 19-71 [ISBN 978-83-938660-1-4]

W poszukiwaniu prawdy. Przypadek Andrzeja, arcybiskupa Bari, w: Stilo et animo. Prace historyczne ofiarowane Profesorowi Tomaszowi Jasińskiemu w 65. rocznicę urodzin, red. M. Dorna, M. Matla, M. Sosnowski, E. Syska przy współpracy W. Barana-Kozłowskiego, Poznań: Instytut Historii UAM, 2016, s. 305-312 [ISBN 9788365663023]

The Wonder That Was India Arthura Llewellyna Bashama, w: O pożytkach z lektury książek historycznych. Esseje ofiarowane Profesorowi Krzysztofowi A. Makowskiemu na 60. rocznicę urodzin, red. W. Molik, Poznań: Instytut Historii UAM, 2016, s. 299-313 [ISBN 9788365663092]

Duchowość kamedułów kongregacji Monte Corona. Wprowadzenie do problematyki, w: Kameduli w Warszawie 1641-2016. 375 lat fundacji eremu na Bielanach, red. naukowa Karol Gutmejer, Anna Sylwia Czyż, Warszawa: Miasto Stołeczne Warszawa, 2016, s. 11-26 [ISBN 9788363269302]

Wilno. Pulcherrima urbs monachorum, w: Wokół Wielkiego Księstwa Litewskiego i jego tradycji, red. B. Manyś, M. Zwierzykowski, Poznań: Instytut Historii UAM, 2016, s. 159-172 [ISBN 9788365663146]

Anniwersarium obłóczyn, profesji i konsekracji benedyktynek wileńskich z końca XVII w. O potrzebie kontynuacji badań prozopograficznych, Bažnyčios istorijos studijos, t. 8 (Lietuvių Katalikų Mokslo Akademijos metraštis, t. 39B), Vilnius 2016, s. 207-229 ISSB 1392-0502

Szkoła dziedzictwa. Wielokulturowość. Publikacja towarzysząca programowi edukacyjnemu Szkoła dziedzictwa, red: Monika Herkt, Anna Mieszała, Poznań: Centrum Turystyki Kulturowej TRAKT w Poznaniu, 2017, s. 21-33; ISBN 978-83-62415-22-9

Kartuzi w Darłowie i ich związki z otoczeniem, w: Historia i kultura ziemi sławieńskiej, t. 13: Darłowo, red. Włodzimierz Rączkowski, Jan Sroka, Sławno-Darłowo 2019, s. 63-82 [ISBN 978-83-947670-7-5]

Karl Wilhelm Rosenow i jego związki z muzeum w Darłowie, w: Historia i kultura ziemi sławieńskiej, t. 13: Darłowo, red. Włodzimierz Rączkowski, Jan Sroka, Sławno-Darłowo 2019, s. 259-268

Cmentarz żydowski przy ul. Głogowskiej, Kronika Miasta Poznania, s. 84-111

Greek Refugees in Poland after 1949: People, Places, Memory, Heritage, w: 100 Years of Greek-Polish Relations. A Historical and Cultural Path, edited by Georgios Kardaras, Athens: Nationa Hellenic Research Foundation, 2019, s.123-138 [ISBN 978-960-9538-89-3]

Zbigniewa Wielgosza zainteresowanie opactwem benedyktynów w Lubiniu, s. 21-36

Badania prozopograficzne duchowieństwa katolickiego Wielkiego Księstwa Litewskiego, w: Ženklai. Simboliai. Prasmės. Lietuvos Dižiosios Kunigaikštytės tyrimai pagalbinių istorijos mokslų aspektu. Mokslinių straipsnių rinkinys, sud. Rūta Čapaitė, Gitana Zujienė, Vilnius: Lietuvos Istorijos Institutas, 2019, s. 141-184. [ISBN 978-609-8183-70-2]

Eustachy Tyszkiewicz i jego Muzeum Starożytności w Wilnie, w: Museion Poloniae Maioris, Rocznik Naukowy Fundacji Muzeów Wielkopolskich, t. 6 (2019), s. 163-172

Wileńskie klasztory trynitarzy. Przyczynek do badań prozopograficznych, w: Lituanistyka i wschodoznawstwo. Studia dedykowane Profesorowi Krzysztofowi Pietkiewiczowi", red. G. Błaszczyk, G. Skrukwa, M. Studenna-Skrukwa, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Historii, Poznań 2020, s. 205-215 (ISBN 978-83-66355-46-0)

Johann Christian Schöttgen i jego artykuł o dziejach kartuzji darłowskiej z 1721 roku, w: Historia i kultura ziemi sławieńskiej, t. 14: Darłowo: Migawki z historii miasta i okolic, red. Włodzimierz Rączkowski, Jan Sroka, Sławno-Darłowo: Fundacja „Dziedzictwo", 2021, s. 15-38

Droga ku niemieckości? Żydzi w Wielkim Księstwie Poznańskim, w: Poznański sposób na niepodległość, red. Andrzej Gulczyński, Szymon Paciorkowski, Poznań: Wydawnictwo PTPN, 2021, s. 243-271 [ISBN 9788376544250]

Z dziejów gminy żydowskiej w Środzie Wielkopolskiej, w: Ze świata dawnych barbarzyńców. Studia pradziejowe i wczesnodziejowe. Księga dedykowana Profesorowi Henrykowi Machajewskiemu z okazji 70. Urodziny i 50 lat pracy archeologiczne, red. Andrzej Michałowski, Michał Brzostowicz, Maciej Kaczmarek, Anna Strobin, Poznań: Wydawnictwo Naukowe UAM, 2021, s. 719-759 (ISBN 978-83-232-3909-3) (Seria Archeologia nr 60)

Brygida Kürbis w zwierciadle własnych wspomnień, w: Źródłoznawstwo historyczne Brygidy Kurbis. Teoria - praktyka - konteksty, red. E. Skibiński, P. Stróżyk, Poznań: Wydawnictwo Nauka i Innowacje, 2021 (ISBN 978-83-65988-68-3), s. 245-306

Ślady wielojęzyczności w społeczeństwie Polski wczesnośredniowiecznej,  w: Totius mundi polihistor. Studia Georgio Strzelczyk octuagenario oblata, red. M. Delimata-Proch, A. Krawiec, J. Kujawiński, Poznań: Wydawnictwo UAM, 2021 (ISBN 978-83-66355-74-3), s. 773-788

Prorektor ds. współpracy międzynarodowej kierujący Szkołą Nauk Humanistycznych

Seminarium licencjackie, seminarium magisterskie

Różnorodność językowa Rzeczypospolitej Obojga Narodów

2017-2020  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant 0104/NPRH3/H12/82/2014, numer rejestracyjny 12H 13 0545 82 pt. Dokumenty Karaimów wschodnioeuropejskich: Edycja rękopisów Abrahama Firkowicza w zbiorach Rosyjskiej Biblioteki Narodowej (wykonawca)

2017-2020  Lietuvos Mokslo Taryba, grant P-MIP-17-441 pt. Lietuvos Didžisosios Kunikaikštystės vienuoliai katalikai: biogramų sąvadas; 98586 EURO, (kierownik grantu)

2014-2019  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant Nr 0046/NPRH3/H11/82/2014 pt. Dzieje (archi)diecezji poznańskiej X-XX w. U źródeł polskiego chrześcijaństwa i Kościoła, suma 1,380.000 PLN; realizowany przez Uniwersytet im. A. Mickiewicza (wykonawca)

2013-2017  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant 12H 11 0009 80 pt. Zabytki historii Karaimów polskich: edycja krytyczna dokumentów gmin karaimskich; suma 1,500.000 PLN; realizowany przez Wyższą Szkołę Filologii Hebrajskiej w Toruniu (wykonawca, kierownik od czerwca 2014 r.)

2012-2017  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant 11 H 12 016981 pt. Słownik biograficzny polskich mendykantów w średniowieczu, t. 1: Dominikanie; suma 643.500 PLN; realizowany przez Uniwersytet im. A. Mickiewicza (wykonawca)

2012-2017  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant 11H 12 1261 81 pt. Historia i kultura dawnych Słowian; suma 690.630 PLN; realizowany przez Uniwersytet im. A. Mickiewicza (wykonawca)

2012-2016  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant 11H 12 0250 81 pt. Kultura I Rzeczypospolitej w dialogu z Europą: Hermeneutyka wartości (kierownik prof. Alina Nowicka-Jeżowa UW). Zadanie badawcze „Dziedzictwo chrześcijaństwa średniowiecznego wobec wyzwań XV-XVIII wieku. Kontynuacje i uwspółcześnienie. Część 1. W kręgu duchowości benedyktyńskiej (kier. Dr hab. Michał T. Gronowski OSB, prof. UAM dr hab. Piotr Urbański); suma 1.000.000 PLN; realizowany przez Uniwersytet Warszawski i Instytut Studiów Interdyscyplinarnych „Artes Liberales” (wykonawca)

2014            Grant SF 3/SEM-301 Digital Humanities; przyznany przez Lietuvos Mokslo Taryba, Litwa, (wykonawca)

2013-2017  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant NPRH 11H 11 010680 pt. Monumenta Poloniae Heraldica 2; suma 194.603 PLN; realizowany przez Uniwersytet im . A. Mickiewicza (wykonawca)

2010-2014  Narodowy Program Rozwoju Humanistyki, grant POKL.04.01.01-00-075/09 pt. Dialog międzykulturowy podstawą społeczeństwa obywatelskiego; suma 4,985.466 PLN, realizowany przez Uniwersytet im. A. Mickiewicza (wykonawca)

2007-2010  Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Monumenta Poloniae Heraldica, NN 108294933 (numer rejestracyjny), 2949/B/H03/2007/33 (numer umowy), kwota: 119.040 PN, realizowany przez Uniwersytet im. A. Mickiewicza (wykonawca)

2021 Nagroda indywidualna III stopnia Rektora UAM za osiągnięcia naukowe

2021 Nagroda indywidualna I stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2020 Nagroda indywidualna I stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2019 Nagroda indywidualna I stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2019 Nagroda indywidualna I stopnia Rektora UAM za osiągnięcia naukowe

2018 Nagroda indywidualna III stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2017 Nagroda indywidualna III stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2016 Nagroda zespołowa I Rektora UAM stopnia za działalność organizacyjną

2015 Nagroda zespołowa I Rektora UAM stopnia za działalność organizacyjną

2014 Nagroda zespołowa I stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2013 Nagroda indywidualna II stopnia Rektora UAM za osiągnięcia naukowe

2012 Nagroda zespołowa II stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

2011 Nagroda zespołowa II stopnia Rektora UAM za działalność organizacyjną

1997 Nagroda Indywidualna II Stopnia Rektora UAM

1996 Nagroda Prezesa Rady Ministrów za pracę doktorską

1997            Stypendium Fundacji z Brzezia Lanckorońskich, Florencja, Włochy (lipiec 1997)

1998            Stypendium Andrew C. Duncan Catholic History Trust, Londyn-Oxford (lipiec-sierpień 1998)

1998            Staż naukowo-badawczy w ramach Programu Kulturalno-Naukowego między Rządem RP a Rządem Republiki Włoskiej w Istituto di Studi storici su Caterina de’Ricci e Gerolamo Savonarola, Firenze, (sierpień-wrzesień 1998)

Poznańskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk. Komisja Historyczna (członkostwo od 1998 r.)

Towarzystwo Miłośników i Badaczy Ziemi Krotoszyńskiej (członkostwo od 2001 r.)

Polskie Towarzystwo Studiów Żydowskich (członkostwo od 2011 r.)

Polskie Towarzystwo Heraldyczne (członkostwo od 2011 r.)

2008-2012  Członek Rady Naukowej Instytut im. Oskara Kolberga w Poznaniu

1999-2014  Sekretarz redakcja czasopisma „Lituano-Slavica Posnaniensia. Studia Historica”

2013-obecnie        Członek redakcji czasopisma „Karaite Archives”

2014-obecnie        Członek redakcji czasopisma „Lietuvos Katalikų Mokslo Akademijos Metraštis”

2016-obecnie        Członek redakcji czasopisma „Lietuvos Istorijos Studijos Mokslo Darbai